Autor: Artur Zięba – doradca podatkowy, nr wpisu 13748
Stan prawny: 24 października 2026 r.
Otrzymanie zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej nie oznacza jeszcze, że urząd stwierdził nieprawidłowości w rozliczeniach przedsiębiorcy. Kontrola podatkowa służy sprawdzeniu, czy podatnik prawidłowo wywiązuje się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.
Dla przedsiębiorcy istotne jest jednak odpowiednie przygotowanie dokumentacji, ustalenie zakresu kontroli i znajomość przysługujących mu uprawnień. Szczególne znaczenie mają terminy dotyczące wszczęcia kontroli, korekty deklaracji oraz zgłaszania zastrzeżeń do protokołu.
W tym artykule wyjaśniamy, jak przebiega kontrola podatkowa w firmie w 2026 roku, jakie prawa ma przedsiębiorca i na co powinien zwrócić uwagę już po otrzymaniu pierwszego pisma z urzędu.
Czym jest kontrola podatkowa przedsiębiorcy?
Kontrolę podatkową regulują przede wszystkim przepisy działu VI ustawy – Ordynacja podatkowa.
Zgodnie z art. 281 Ordynacji podatkowej jej celem jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.
W przypadku przedsiębiorców kontrola może obejmować między innymi:
- prawidłowość rozliczenia podatku VAT;
- wykazanie przychodów z działalności gospodarczej;
- zasadność zaliczenia określonych wydatków do kosztów uzyskania przychodów;
- poprawność prowadzonych ksiąg podatkowych i ewidencji;
- zastosowanie właściwych stawek podatkowych;
- prawidłowość rozliczenia określonych transakcji.
Ważne jest odróżnienie kontroli podatkowej od czynności sprawdzających, postępowania podatkowego oraz kontroli celno-skarbowej. Są to odrębne procedury, do których zastosowanie znajdują różne regulacje.
Samo otrzymanie wezwania do złożenia wyjaśnień nie oznacza jeszcze, że wszczęto kontrolę podatkową.
Czy urząd skarbowy musi zawiadomić o kontroli podatkowej?
Co do zasady organ podatkowy zawiadamia kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli.
Zgodnie z art. 282b Ordynacji podatkowej kontrola może zostać wszczęta nie wcześniej niż po upływie 7 dni i przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia.
Wcześniejsze wszczęcie kontroli wymaga zgody albo wniosku kontrolowanego.
Jeżeli kontrola nie zostanie wszczęta przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia, jej rozpoczęcie wymaga ponownego zawiadomienia.
Nie każda kontrola podatkowa musi jednak zostać wcześniej zapowiedziana.
Art. 282c Ordynacji podatkowej przewiduje wyjątki, w których organ może wszcząć kontrolę bez wcześniejszego zawiadomienia. Dotyczą one określonych w ustawie sytuacji, w tym niektórych przypadków związanych z rozliczeniami VAT oraz przeciwdziałaniem naruszeniom przepisów podatkowych.
Dlatego brak zawiadomienia nie oznacza automatycznie, że kontrola została wszczęta niezgodnie z prawem.
Jak przygotować firmę do kontroli podatkowej?
Przedsiębiorca powinien rozpocząć przygotowania od dokładnego przeanalizowania otrzymanego zawiadomienia.
Warto przede wszystkim ustalić:
- Jakiego podatku dotyczy kontrola?
- Jaki okres rozliczeniowy obejmuje?
- Jaki jest zakres planowanych czynności?
- Jakich dokumentów i informacji może oczekiwać organ?
- Czy deklaracje podatkowe są zgodne z prowadzonymi ewidencjami?
- Czy przedsiębiorca dysponuje dokumentacją potwierdzającą rzeczywisty przebieg transakcji?
W 2026 roku zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli powinno zawierać również wstępny wykaz dokumentów i informacji związanych z zakresem kontroli, których przedstawienia może oczekiwać organ.
Szczególną uwagę warto zwrócić na transakcje nietypowe, znaczące kwotowo oraz te, które mogą budzić wątpliwości co do prawidłowości ich rozliczenia.
Przygotowanie do kontroli powinno obejmować nie tylko zgromadzenie dokumentów, lecz także ich analizę pod kątem ewentualnych nieprawidłowości.
W przypadku bardziej złożonych zagadnień pomocna może być wcześniejsza konsultacja z doradcą podatkowym.
Czy można skorygować deklarację przed kontrolą podatkową?
Co do zasady otrzymanie zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej nie pozbawia jeszcze podatnika prawa do skorygowania deklaracji.
Sytuacja zmienia się z chwilą wszczęcia kontroli.
Zgodnie z art. 81b Ordynacji podatkowej uprawnienie do skorygowania deklaracji ulega zawieszeniu na czas trwania kontroli podatkowej – w zakresie objętym tą kontrolą.
Korekta złożona w okresie zawieszenia nie wywołuje skutków prawnych w tym zakresie.
Po zakończeniu kontroli prawo do korekty co do zasady powraca, z uwzględnieniem innych ustawowych ograniczeń, w szczególności związanych z ewentualnym postępowaniem podatkowym.
Decyzja o złożeniu korekty przed kontrolą powinna być poprzedzona analizą konsekwencji podatkowych oraz możliwych skutków na gruncie prawa karnego skarbowego.
Nie zawsze bowiem samo wykrycie nieprawidłowości oznacza, że najlepszym rozwiązaniem będzie natychmiastowa korekta bez wcześniejszego wyjaśnienia okoliczności sprawy.
Ile może trwać kontrola podatkowa w 2026 roku?
W przypadku kontroli podatkowej przedsiębiorców istotne znaczenie mają także przepisy ustawy – Prawo przedsiębiorców.
Art. 55 tej ustawy określa podstawowe roczne limity czasu kontroli prowadzonej u przedsiębiorcy przez dany organ.
W 2026 roku wynoszą one:
- Mikroprzedsiębiorca – 6 dni roboczych.
- Mały przedsiębiorca – 18 dni roboczych.
- Średni przedsiębiorca – 24 dni robocze.
- Pozostali przedsiębiorcy – 48 dni roboczych.
Są to podstawowe limity czasu wszystkich kontroli danego organu u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym.
Nie oznacza to jednak, że każda kontrola mikroprzedsiębiorcy musi bezwzględnie zakończyć się po sześciu dniach.
Prawo przedsiębiorców przewiduje określone wyjątki od limitów oraz możliwości przedłużenia kontroli. W szczególności istnieją szczególne zasady dotyczące analizy dokumentów i sporządzania protokołu po zakończeniu określonych czynności u mikroprzedsiębiorcy.
Dlatego ustalenie, czy doszło do przekroczenia dopuszczalnego czasu kontroli, wymaga zbadania konkretnego przypadku.
Jak liczyć czas trwania kontroli?
W praktyce spory budził sposób obliczania czasu kontroli, zwłaszcza gdy czynności kontrolne były wykonywane jedynie w wybranych dniach.
W orzeczeniu z 15 października 2025 r. (sygn. III OSK 1677/22) Naczelny Sąd Administracyjny opowiedział się za liczeniem kolejnych dni roboczych od wszczęcia do zakończenia kontroli, a nie wyłącznie dni, w których kontrolujący faktycznie wykonywali czynności.
Orzeczenie to ma znaczenie przy ocenie przestrzegania ustawowych limitów czasu kontroli.
Czy przedsiębiorca może wnieść sprzeciw wobec kontroli?
Tak, ale wyłącznie w przypadkach przewidzianych ustawą.
Prawo przedsiębiorców umożliwia wniesienie sprzeciwu wobec podjęcia lub wykonywania czynności kontrolnych z naruszeniem określonych przepisów dotyczących kontroli działalności gospodarczej.
Co do zasady sprzeciw należy wnieść w terminie 3 dni roboczych od wszczęcia kontroli albo od wystąpienia przesłanki uzasadniającej jego wniesienie.
Sprzeciw powinien zostać uzasadniony.
Nie jest to jednak uniwersalny środek kwestionowania dowolnej czynności urzędu. Przed jego wniesieniem należy zweryfikować, czy w konkretnej sytuacji przedsiębiorcy rzeczywiście przysługuje takie uprawnienie.
Jakie prawa ma przedsiębiorca podczas kontroli podatkowej?
Przedsiębiorca nie jest biernym uczestnikiem kontroli podatkowej.
Przepisy przewidują określone uprawnienia kontrolowanego, w tym możliwość:
- uczestniczenia w czynnościach kontrolnych;
- przedstawiania dokumentów i innych dowodów;
- składania wyjaśnień;
- korzystania z pomocy profesjonalnego pełnomocnika;
- reagowania na ustalenia kontrolujących;
- przedstawienia zastrzeżeń do protokołu kontroli.
Zakres poszczególnych praw zależy od rodzaju czynności i okoliczności sprawy.
Jednocześnie kontrolowany ma obowiązek współdziałania z organem w zakresie wynikającym z przepisów prawa.
W toku kontroli warto zachowywać kopie przekazywanych dokumentów, dokumentować korespondencję oraz kontrolować terminy udzielania odpowiedzi na wezwania.
W sprawach bardziej skomplikowanych wsparcie może obejmować również reprezentację przedsiębiorcy w kontroli i postępowaniu podatkowym.
Co zrobić po otrzymaniu protokołu kontroli podatkowej?
Kontrola podatkowa kończy się w dniu doręczenia kontrolowanemu protokołu kontroli.
Protokół zawiera ustalenia dokonane przez organ w toku przeprowadzonych czynności. Nie jest jednak decyzją podatkową określającą wysokość zobowiązania.
Jeżeli przedsiębiorca nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia.
Zgodnie z art. 291 Ordynacji podatkowej termin na ich przedstawienie wynosi 14 dni od dnia doręczenia protokołu kontroli.
Kontrolowany może wskazać również odpowiednie wnioski dowodowe.
Organ kontrolujący ma następnie 14 dni na rozpatrzenie zastrzeżeń i poinformowanie kontrolowanego o sposobie ich załatwienia.
Jak przygotować zastrzeżenia do protokołu?
Zastrzeżenia powinny odnosić się do konkretnych ustaleń organu.
Mogą dotyczyć w szczególności:
- błędnego ustalenia stanu faktycznego;
- pominięcia istotnych dokumentów;
- niewłaściwej oceny dowodów;
- błędnej kwalifikacji podatkowej transakcji;
- nieprawidłowej wykładni przepisów;
- bezzasadnego zakwestionowania kosztów podatkowych lub odliczenia VAT.
Samo ogólne stwierdzenie, że podatnik nie zgadza się z protokołem, zazwyczaj nie wystarcza do skutecznego zakwestionowania ustaleń organu.
Z punktu widzenia ochrony interesów przedsiębiorcy istotne jest przygotowanie argumentacji odnoszącej się zarówno do okoliczności faktycznych, jak i obowiązujących przepisów.
Termin 14 dni powinien być traktowany priorytetowo. Analizę protokołu warto rozpocząć niezwłocznie po jego doręczeniu.
Praktyczny przykład – zakwestionowanie kosztów podatkowych
Przykład hipotetyczny.
Przedsiębiorca prowadzący działalność usługową otrzymuje zawiadomienie o kontroli podatkowej dotyczącej rozliczenia podatku dochodowego za poprzedni rok.
W toku kontroli urząd kwestionuje część wydatków zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów. Zdaniem kontrolujących przedstawione faktury nie potwierdzają w wystarczającym stopniu gospodarczego celu poniesionych wydatków.
Przedsiębiorca dysponuje jednak dodatkowymi dokumentami: korespondencją z kontrahentami, umowami, potwierdzeniami wykonania usług i dokumentacją rezultatów prac.
W takiej sytuacji istotne jest nie tylko przedstawienie faktur, lecz również wykazanie związku poniesionych wydatków z osiąganiem przychodów albo zachowaniem lub zabezpieczeniem ich źródła.
Jeżeli organ pominie istotne okoliczności i podtrzyma niekorzystne ustalenia w protokole, przedsiębiorca może przedstawić odpowiednio uzasadnione zastrzeżenia wraz z wnioskami dowodowymi.
Przykład pokazuje, że prawidłowe prowadzenie dokumentacji i umiejętne przedstawienie dowodów mogą mieć istotne znaczenie dla przebiegu kontroli.
Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa – najważniejsze różnice
W praktyce przedsiębiorcy często posługują się potocznym określeniem „kontrola skarbowa”.
Należy jednak odróżniać kontrolę podatkową od kontroli celno-skarbowej.
Kontrolę podatkową regulują przede wszystkim przepisy Ordynacji podatkowej. Kontrola celno-skarbowa prowadzona jest natomiast na podstawie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej.
Różnice dotyczą między innymi sposobu wszczęcia kontroli, uprawnień kontrolowanego i zasad dokonywania korekty deklaracji.
Do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców. Oznacza to, że opisane wcześniej limity 6, 18, 24 i 48 dni roboczych nie znajdują do niej automatycznego zastosowania.
Istotne różnice występują także w zakresie korekty deklaracji.
W kontroli celno-skarbowej dotyczącej przestrzegania prawa podatkowego kontrolowany ma co do zasady 14 dni od doręczenia upoważnienia na złożenie deklaracji lub korekty w zakresie objętym kontrolą.
Ustawa przewiduje również określone możliwości dokonania korekty w terminie 14 dni od doręczenia wyniku kontroli.
Dlatego już na początku kontaktu z urzędem należy ustalić, jaki rodzaj procedury został wszczęty.
Najczęstsze pytania dotyczące kontroli podatkowej
Ile trwa kontrola podatkowa mikroprzedsiębiorcy w 2026 roku?
Podstawowy limit czasu wszystkich kontroli prowadzonych przez dany organ u mikroprzedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym wynosi 6 dni roboczych. Przepisy przewidują jednak wyjątki i możliwości przedłużenia kontroli.
Czy urząd skarbowy może przeprowadzić kontrolę bez zapowiedzi?
Tak. Art. 282c Ordynacji podatkowej przewiduje przypadki, w których wcześniejsze zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli nie jest wymagane.
Czy po otrzymaniu zawiadomienia można skorygować deklarację?
Co do zasady tak, jeżeli nie zachodzi inna ustawowa przeszkoda. W przypadku kontroli podatkowej prawo do korekty w zakresie nią objętym zostaje zawieszone na czas jej trwania.
Ile czasu przysługuje na zastrzeżenia do protokołu kontroli?
Kontrolowany ma 14 dni od doręczenia protokołu na przedstawienie zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz odpowiednich wniosków dowodowych.
Czy kontrola podatkowa i celno-skarbowa to to samo?
Nie. Są to odrębne procedury regulowane różnymi przepisami. Różnią się między innymi zasadami wszczęcia, czasem kontroli i możliwościami dokonania korekty deklaracji.
Czy podczas kontroli podatkowej warto korzystać z pomocy doradcy podatkowego?
Pomoc doradcy podatkowego warto rozważyć zwłaszcza wtedy, gdy kontrola dotyczy znacznych kwot, skomplikowanych transakcji lub gdy organ kwestionuje istotne elementy rozliczeń podatnika.
Pomoc w kontroli podatkowej we Wrocławiu
Kontrola podatkowa może prowadzić do ustaleń mających istotny wpływ na sytuację finansową przedsiębiorcy.
Dlatego odpowiednio wczesna analiza dokumentacji, kontrola terminów i przygotowanie argumentacji podatkowej mają duże znaczenie.
Kancelaria Doradztwa Podatkowego Artura Zięby we Wrocławiu świadczy pomoc przedsiębiorcom w sprawach kontroli podatkowych, kontroli celno-skarbowych oraz postępowań podatkowych.
Zakres wsparcia może obejmować analizę otrzymanych pism, ocenę ryzyka podatkowego, przygotowanie wyjaśnień, sporządzenie zastrzeżeń do protokołu oraz reprezentację przed organami podatkowymi.
Szczegółowe informacje znajdują się na stronie: Kontrola i postępowanie podatkowe – Kancelaria Zięba.
O autorze
Artur Zięba – doradca podatkowy, nr wpisu 13748, prowadzący Kancelarię Doradztwa Podatkowego we Wrocławiu. Posiada wieloletnie doświadczenie zawodowe w zakresie prawa podatkowego, w tym również doświadczenie zdobyte w administracji skarbowej.Zajmuje się doradztwem podatkowym dla przedsiębiorców, w tym pomocą w kontrolach i postępowaniach podatkowych.
Podstawy prawne
- Ustawa z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa – w szczególności art. 81b, 281, 282b, 282c i 291.
- Ustawa z 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców – w szczególności art. 55 i 59.
- Ustawa z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej – w szczególności przepisy dotyczące kontroli celno-skarbowej.
- wyrok NSA z 15 października 2025 r., sygn. III OSK 1677/22.
Artykuł ma charakter informacyjny i nie stanowi porady podatkowej odnoszącej się do konkretnego stanu faktycznego. Każda sprawa wymaga indywidualnej analizy właściwych przepisów i dokumentów.